1.1.1 原始數(shù)據(jù)格式要求
A.?Fastq格式
B.?Bcl格式，需要提供Samplesheet文件。
1.1.2 數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
●基礎(chǔ)分析
1、原始數(shù)據(jù)基本質(zhì)控，包括數(shù)據(jù)量與質(zhì)量統(tǒng)計(jì)
2、數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)及測(cè)序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評(píng)估
3、去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理
4、參考序列比對(duì)分析
5、SNP/InDel分析
6、基因表達(dá)水平分析
7、基因差異表達(dá)分析(≥2個(gè)樣本)
8、差異表達(dá)基因的GO富集分析(≥2個(gè)樣本)
9、差異表達(dá)基因的KEGG富集分析(≥2個(gè)樣本)
10、樣本間相關(guān)性分析(≥2個(gè)樣本)
11、轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平分析
12、可變剪切分析
13、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)
●高級(jí)分析（定制）
14、LncRNA表達(dá)水平分析
15、LncRNA差異表達(dá)分析(≥2個(gè)樣本)
16、LncRNA靶基因預(yù)測(cè)
17、差異LncRNA靶基因的GO富集分析
18、差異LncRNA靶基因的KEGG富集分析
19、miRNA靶向結(jié)合LncRNA分析
20、LncRNA與mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
21、Novel LncRNA預(yù)測(cè)
1.1.3 數(shù)據(jù)分析周期
基礎(chǔ)分析 ： 10-15工作日
高級(jí)分析 ： 10-15工作日(基礎(chǔ)分析后)?
1.2.1 原始數(shù)據(jù)格式要求
A. Fastq格式
B. Bcl格式，需要提供Samplesheet文件。
1.2.2 數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
●基礎(chǔ)分析
1、原始數(shù)據(jù)基本質(zhì)控，包括數(shù)據(jù)量與質(zhì)量統(tǒng)計(jì)
2、數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)及測(cè)序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評(píng)估
3、去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理
4、UniGenes拼接
5、UniGenes注釋分析(NR數(shù)據(jù)庫或者UniProt數(shù)據(jù)庫)
6、UniGenes表達(dá)分析
7、UniGenes差異表達(dá)分析(≥2個(gè)樣本)
8、差異表達(dá)UniGenes的GO富集分析(≥2個(gè)樣本)
9、差異表達(dá)UniGenes的KEGG富集分析(≥2個(gè)樣本)
10、樣本間相關(guān)性分析(≥2個(gè)樣本)
11、COG/KOG注釋分析
12、SSR重復(fù)序列分析
●高級(jí)分析（定制）
13、LncRNA序列預(yù)測(cè)
14、LncRNA表達(dá)水平分析
15、LncRNA差異表達(dá)分析(≥2個(gè)樣本)
16、LncRNA靶基因預(yù)測(cè)
17、差異LncRNA靶基因的GO富集分析
18、差異LncRNA靶基因的KEGG富集分析
19、miRNA靶向結(jié)合LncRNA分析
20、LncRNA與mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
21、SNP/InDel分析
1.2.3 數(shù)據(jù)分析周期
基礎(chǔ)分析 ： 15-20工作日
高級(jí)分析 ： 10-15工作日(基礎(chǔ)分析后)?
1.3.1 原始數(shù)據(jù)格式要求
A. Fastq格式
B. Bcl格式，需要提供Samplesheet文件。
1.3.2 數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
●基礎(chǔ)分析
1、原始數(shù)據(jù)基本質(zhì)控，包括數(shù)據(jù)量與質(zhì)量統(tǒng)計(jì)
2、數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)及測(cè)序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評(píng)估
3、去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理
4、miRNA長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)
5、miRNA數(shù)據(jù)庫比對(duì)分析
6、miRNA表達(dá)水平分析
7、miRNA差異表達(dá)分析(≥2個(gè)樣本)
8、miRNA飽和度分析
9、Small RNA分類注釋
10、miRNA靶基因預(yù)測(cè)
11、差異miRNA的GO富集分析(≥2個(gè)樣本)
12、差異miRNA的KEGG富集分析(≥2個(gè)樣本)
13、差異miRNA的KEGG富集分析(≥2個(gè)樣本)
14、樣本間相關(guān)性分析(≥2個(gè)樣本)
●高級(jí)分析（定制）
15、Novel miRNA預(yù)測(cè)
16、Novel miRNA靶基因預(yù)測(cè)
17、Novel miRNA差異分析(≥2個(gè)樣本)
18、差異Novel miRNA的GO富集分析(≥2個(gè)樣本)
19、差異Novel miRNA的KEGG富集分析(≥2個(gè)樣本)
1.3.3 數(shù)據(jù)分析周期
基礎(chǔ)分析 ： 10-15工作日
高級(jí)分析 ： 5-10工作日(基礎(chǔ)分析后)?